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bio-epitranscriptomics-merip-preprocessing

Dados e Análise Autor: bg-szy

Aligns and QCs methylated-RNA-immunoprecipitation (MeRIP / m6A-seq) IP and input libraries using STAR or HISAT2 splice-aware mapping, samtools sort/index, IP/input matched-pair tracking, antibody-lot metadata recording, replicate concordance via deepTools multiBamSummary + plotCorrelation, IP enrichment QC via plotFingerprint and per-transcript IP/input ratio distributions, library-complexity satu

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Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: STAR 2.7.11+, HISAT2 2.2.1+, samtools 1.19+, deepTools 3.5+, PreSeq 3.2+, fastp 0.23+, Trim Galore 0.6.10+, Picard 3.1+, MultiQC 1.25+, bowtie2 2.5+, BWA-MEM2 2.2+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
  • Python: pip show <package> then help(module.function)

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect t

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