bio-epitranscriptomics-modification-visualization

Name: bio-epitranscriptomics-modification-visualization
Rating: 5 (2 reviews)
Author: bg-szy

Visualises RNA-modification data with transcript-feature metagene plots (Guitar GuitarPlot with 5'UTR / CDS / 3'UTR scaling; MetaPlotR; deepTools `computeMatrix scale-regions`), peak-centred heatmaps (ComplexHeatmap; deepTools plotHeatmap), IP-vs-input paired browser tracks (bigWig of log2 IP/input via deepTools `bamCompare`; ggcoverage; pyGenomeTracks; Gviz; IGV / UCSC track hubs), DRACH sequence

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Reference examples tested with: Guitar 2.18+ (Bioconductor), MetaPlotR (GitHub, unversioned), deepTools 3.5+, ggcoverage 1.4+, pyGenomeTracks 3.8+, Gviz 1.46+, ComplexHeatmap 2.18+, ggseqlogo 0.2+, ggplot2 3.5+, rtracklayer 1.62+, GenomicFeatures 1.54+, BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 1.4+, TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene 3.18+, ChIPseeker 1.38+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('Guitar') then `?Guitar

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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