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Design e Frontend Autor: bg-szy

Designs genomics experiments so technical nuisance variation (batch, lane, plate, flow cell, operator, reagent lot, processing day) is balanced against the biological variable of interest and therefore estimable rather than confounded, using constrained sample-to-batch assignment (designit, OSAT), the confounder/mediator/collider distinction, and the principle that no post-hoc correction recovers

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: designit 0.5+, OSAT 1.50+ (Bioconductor), sva 3.50+, RUVSeq 1.36+, limma 3.58+, edgeR 4.0+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws an error, introspect the installed package and adapt to the actual API. Notes: OSAT uses optimal.shuffle() on a setup object (there is no bare osat() function); designit is R

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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