bio-experimental-design-sample-size

Name: bio-experimental-design-sample-size
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Estimates the minimum biological replicates (or cells/events) for a target power at a target FDR in genomics experiments using ssizeRNA, PROPER, powsimR for scRNA-seq, and pilot-data dispersion estimation from DESeq2/edgeR. Covers the biological-versus-technical replication distinction (technical replicates do not add degrees of freedom for biological inference), replicate-number-versus-sequencing

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: ssizeRNA 1.3+, PROPER 1.34+, powsimR 1.2+ (GitHub), DESeq2 1.42+, edgeR 4.0+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws an error, introspect the installed package and adapt to the actual API. Notes: ssizeRNA provides ssizeRNA_single() (one mean/dispersion for all genes), ssizeRNA_vary() (genes vary), and `c

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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