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bio-expression-matrix-gene-id-mapping

Documentos Autor: bg-szy

Maps between gene identifier systems (Ensembl, Entrez, HGNC symbol, UniProt, RefSeq, MANE) using AnnotationDbi, biomaRt, mygene, pyensembl, and Ensembl REST. Encodes Ensembl version stripping with GENCODE _PAR_Y preservation, the Ziemann 2016 Excel autocorrect debacle and Bruford 2020 HGNC renames (SEPT*->SEPTIN*, MARCH*->MARCHF*, MARC*->MTARC*, DEC1->DELEC1), OCT4/POU5F1 alias resolution, biomaRt

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: biomaRt 2.58+, AnnotationDbi 1.66+, org.Hs.eg.db 3.18+, org.Mm.eg.db 3.18+, GenomicFeatures 1.54+, mygene 1.38+ (Python), pyensembl 2.3+, pandas 2.2+, rtracklayer 1.62+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

If code throws ImportError, Attribut

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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