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bio-expression-matrix-normalization

Dados e Análise Autor: bg-szy

Normalizes and transforms RNA-seq count matrices for DE, visualization, clustering, and ML. Covers between-sample (TMM, TMMwsp, RLE/median-of-ratios, upper quartile), within-sample (TPM, FPKM/RPKM), variance-stabilizing (VST, rlog, log-CPM), GC-content correction (cqn, EDASeq), and single-cell (scran deconvolution, scanpy normalize_total). Encodes the composition-bias rationale, the "most genes no

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  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the in

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