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bio-free-energy-calculations

DevOps e Infra Autor: bg-szy

Performs alchemical free-energy calculations including relative binding free energy (RBFE / FEP+) and absolute binding free energy (ABFE) via OpenFE, FEP+, GROMACS, AMBER pmemd, and OpenMM with explicit lambda window scheduling, soft-core potentials, REST2 enhanced sampling, MBAR/BAR analysis, and cycle closure validation. Compares ML alternatives (Boltz-2 affinity, DeepDock). Use when ranking ana

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Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: OpenFE 1.7+, OpenMM 8.1+, GROMACS 2024+, AMBER pmemd 22+, alchemlyb 2.1+, pymbar 4.0+, RDKit 2024.09+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • CLI: openfe --version; gmx --version; pmemd.cuda --version

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the exam

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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