bio-gatk-variant-calling

Name: bio-gatk-variant-calling
Author: bg-szy

Pesquisa e Web

Autor: bg-szy

Variant calling with GATK HaplotypeCaller following best practices. Covers germline SNP/indel calling, GVCF workflow for cohorts, joint genotyping, and variant quality score recalibration (VQSR). Use when calling variants with GATK HaplotypeCaller.

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: GATK 4.5+, bcftools 1.19+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

GATK Variant Calling

GATK HaplotypeCaller is the gold standard for germline variant calling. This skill co

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