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bio-gene-regulatory-networks-differential-networks

Desenvolvimento Autor: bg-szy

Compare gene co-expression and regulatory networks between biological conditions to find rewired relationships using DiffCorr, DiffCoEx, DINGO/iDINGO, and CoDiNA. Covers the differential-connectivity-is-not-differential-expression distinction, the pairwise multiple-testing explosion, marginal vs partial (direct) rewiring, and the underpowered-rewiring failure mode. Use when comparing co-expression

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Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: DiffCorr 0.4.1+, DINGO/iDINGO 1.0.4+, CoDiNA 1.1.2+; Python path uses scipy 1.12+, statsmodels 0.14+, networkx 3.0+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed packa

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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