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bio-gene-regulatory-networks-multiomics-grn

Design e Frontend Autor: bg-szy

Build enhancer-driven gene regulatory networks (eGRNs) by integrating single-cell RNA-seq and ATAC-seq using SCENIC+, CellOracle base GRNs, Pando, FigR, DIRECT-NET, TRIPOD, and scMEGA. Covers the accessibility-defines-enhancers principle, peak-to-gene linking and its cell-composition confound, the paired-vs-unpaired decision, and TF-region-gene eRegulon triplets. Use when analyzing 10x multiome or

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Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: SCENIC+ (current Snakemake workflow), pycisTopic 2.0+, pycistarget 1.0+, scanpy 1.10+, MACS3 3.0+; FigR/Signac/ArchR (R).

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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