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bio-gene-regulatory-networks-scenic-regulons

Dados e Análise Autor: bg-szy

Infer transcription factor regulons from single-cell RNA-seq with pySCENIC by combining GRNBoost2 co-expression, cisTarget motif-enrichment pruning, and AUCell per-cell activity scoring. Covers the motif-pruning-as-directionality principle, regulon specificity scoring, run-to-run stability, and database/species matching. Use when identifying TF regulons, scoring TF activity per cell, finding maste

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Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: pySCENIC 0.12+, ctxcore 0.2+, arboreto 0.1.6+, scanpy 1.10+, loompy 3.0+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rath

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