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bio-genome-annotation-annotation-transfer

DevOps e Infra Autor: bg-szy

Transfers gene annotations between genome assemblies via coordinate liftover (UCSC liftOver, CrossMap for same-species version updates) or feature/sequence projection (Liftoff for same/close species, miniprot for protein-level cross-species, TOGA/GeMoMa/CAT for distant clades). Covers the coordinate-vs-projection decision by divergence, why a successful lift is not biological confirmation, referen

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Reference examples tested with: Liftoff 1.6.3+, LiftoffTools 0.4+, miniprot 0.13+, CrossMap 0.7+, UCSC liftOver (current), BioPython 1.83+, gffutils 0.12+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

The chain file must match the exact assembly pair (build and patch); the **source and t

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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