bio-genome-annotation-eukaryotic-gene-prediction

Name: bio-genome-annotation-eukaryotic-gene-prediction
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Predicts protein-coding gene structures (exons, introns, UTRs) in eukaryotic genomes with BRAKER3 (RNA-seq + protein evidence), BRAKER1/BRAKER2, GALBA (protein-only), Funannotate (fungi), GeMoMa (homology projection), or Helixer/Tiberius (deep-learning ab initio). Covers the evidence-first tool decision, mandatory soft-masking, the training-set-quality-dominates principle, OrthoDB clade-partition

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Reference examples tested with: BRAKER 3.0+, GALBA 1.0.11+, AUGUSTUS 3.5+, Funannotate 1.8+, HISAT2 2.2.1+, STAR 2.7.11+, BUSCO 5.5+, samtools 1.19+, gffutils 0.12+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

Reproducibility is engineered, not assumed: run BRAKER/GALBA/Funannotate from the

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