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bio-genome-annotation-ncrna-annotation

Desenvolvimento Autor: bg-szy

Identifies non-coding RNAs (tRNA, rRNA, snoRNA, snRNA, riboswitches, sRNAs) using Infernal covariance-model search against Rfam, tRNAscan-SE 2.0 for tRNA, barrnap for rRNA, and ARAGORN for tmRNA, plus the small-RNA-seq boundary for miRNA and the transcript-assembly boundary for lncRNA. Covers the structure-conserved-not-sequence-conserved principle (why BLAST fails), GA-threshold and clan-competit

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Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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#ai

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Version Compatibility

Reference examples tested with: Infernal 1.1.4+, Rfam 15+ (CM library), tRNAscan-SE 2.0.12+, barrnap 0.9+, ARAGORN 1.2+, pandas 2.2+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

The Rfam release version drives results (Rfam 15 has ~4,200+ families); record it. The downloaded Rfam.cm s

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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