bio-genome-annotation-prokaryotic-annotation

Name: bio-genome-annotation-prokaryotic-annotation
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Annotates bacterial and archaeal genomes (isolates, MAGs, plasmids) with Bakta (active versioned databases, NCBI-compliant output) or Prokka (legacy), producing GFF3/GenBank/EMBL/FASTA with INSDC locus tags. Covers Bakta-vs-Prokka-vs-PGAP-vs-DFAST choice, light-vs-full database tiers, translation-table selection (11/4/25), archaeal and leaderless-gene caveats, the small-ORF blind spot, pseudogene-

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Version Compatibility

Reference examples tested with: Bakta 1.9+, Prokka 1.14.6 (legacy), tRNAscan-SE 2.0+, CheckM2 1.0+, gffutils 0.12+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

Annotation content tracks the database version, not just the binary: a Bakta full DB (schema v5+, ~30 GB zipped) and a Bakta li

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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