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bio-genome-annotation-repeat-annotation

Design e Frontend Autor: bg-szy

Discovers, classifies, and masks repetitive elements and transposable elements with RepeatModeler2 (de novo family library), RepeatMasker (masking against a library), EDTA (plant/structural TEs), or EarlGrey (auto-curating wrapper), and quantifies TE expression from RNA-seq with TEtranscripts/SQuIRE. Covers de-novo-library-as-curation-project, soft-vs-hard masking, the domesticated-gene over-maski

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Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: RepeatModeler 2.0.5+, RepeatMasker 4.1.5+, EDTA 2.1+, EarlGrey 4.0+, TEtranscripts 2.2+, matplotlib 3.8+, pandas 2.2+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

The library database version matters as much as the binary: RepeatMasker now ships with Dfam

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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