bio-genome-assembly-assembly-qc

Name: bio-genome-assembly-assembly-qc
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Evaluates genome assembly quality across the three orthogonal axes - contiguity (QUAST auN/NG50/NGx, not bare N50), completeness (BUSCO/compleasm gene-space plus Merqury k-mer completeness), and correctness (reference-free Merqury QV, Inspector/CRAQ structural errors, asmgene false-duplication/collapse). Covers why N50 is the most-gamed metric, why QV measured on the polishing reads is circular, d

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: QUAST 5.2+, BUSCO 5.5+ (and 6.x for odb12 lineages), compleasm 0.2.6+, Merqury 1.3+, meryl 1.4+, minimap2 2.26+, Inspector 1.2+, CRAQ 1.0+, merfin 1.0+, GenomeScope2 2.0+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

Results depend on inputs that outlive the b

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