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Detect contamination and assess genome quality using CheckM, CheckM2, GTDB-Tk, and GUNC for metagenome-assembled genomes and isolate assemblies. Use when checking assemblies for contamination.
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS
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[](https://www.skillteca.com.br/skills/bio-genome-assembly-contamination-detection)
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Copyright (c) 2026 MD BABU MIA, PhD <md.babu.mia@mssm.edu>
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Provenance: Authenticated by MD BABU MIA
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Contamination Detection
CheckM2 (Recommended)
# Run CheckM2 on single genome
checkm2 predict --input assembly.fa --output-directory chec
[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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