bio-genome-assembly-hifi-assembly

Name: bio-genome-assembly-hifi-assembly
Rating: 5 (1 reviews)
Author: bg-szy

Assembles haplotype-resolved diploid and telomere-to-telomere (T2T) genomes from PacBio HiFi reads with hifiasm (HiFi-only, Hi-C, or trio phasing) and verkko (HiFi + ultralong ONT for T2T), extracting contigs from GFA and routing phasing QC to k-mer/trio metrics. Covers why a primary assembly is a haplotype mosaic that exists in no cell, partial-vs-full phasing (the .bp. vs .dip. filename conventi

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Atualizado há 14 dias

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Reference examples tested with: hifiasm 0.25.0+, yak 0.1+, verkko 2.3+, gfatools 0.5+, meryl 1.4+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

hifiasm output filenames AND the default purge level are version-dependent: confirm the .bp.*/.dip.* prefixes and -l defaults against hifiasm --help and the man page for the installed build before scripting around them.

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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