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bio-genome-assembly-metagenome-assembly

Assembles microbial-community sequencing into metagenome-assembled genomes (MAGs) with metaFlye (ONT), metaSPAdes/MEGAHIT (Illumina), and hifiasm-meta/metaMDBG (PacBio HiFi), then recovers genomes via multi-binner consolidation (MetaBAT2, MaxBin2, CONCOCT, SemiBin2, VAMB -> DAS_Tool) and QCs them against MIMAG with CheckM2, GUNC, and GTDB-Tk. Covers why a metagenome is not a genome (uneven coverag

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Reference examples tested with: Flye 2.9+, SPAdes 3.15+ (metaSPAdes), MEGAHIT 1.2+, hifiasm-meta 0.3+, metaMDBG 1.0+, MetaBAT2 2.15+, MaxBin 2.2.7+, CONCOCT 1.1+, SemiBin 2.0+, VAMB 4.1+, DAS_Tool 1.1.6+, CheckM2 1.0+, GUNC 1.0+, GTDB-Tk 2.4+, inStrain 1.7+, minimap2 2.26+, samtools 1.19+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
  • Python: pip show <package> then `

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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