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bio-genome-assembly-scaffolding

Dados e Análise Autor: bg-szy

Scaffold contigs into chromosome-level assemblies using Hi-C data with YaHS, 3D-DNA, SALSA2, and validate with BUSCO and contact maps. Use when scaffolding contigs to chromosome-level assemblies.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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This file is part of the "Universal Biomedical Skills" project.

Copyright (c) 2026 MD BABU MIA, PhD <md.babu.mia@mssm.edu>

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This code is proprietary and confidential.

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Provenance: Authenticated by MD BABU MIA

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Genome Scaffolding

Hi-C Data Preprocessing

# Align Hi-C reads to draft assembly
bwa index draft_assembly.fa
bwa mem -5SP -t 16 draft_ass

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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