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bio-genome-assembly-scaffolding

Dados e Análise Autor: bg-szy

Orders and orients assembled contigs into chromosome-scale scaffolds from long-range linking data, inserting N-gap spacers (adds no sequence). Covers Hi-C/Omni-C scaffolding (YaHS, SALSA2, 3D-DNA/Juicer), Hi-C read-mapping prerequisites (map each end separately, no mate rescue, dedup, enzyme-aware), reading the contact map for misjoins/inversions/false-duplications, manual curation in Juicebox/Pre

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Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Reference examples tested with: YaHS 1.2+, SALSA2 2.3+, juicer_tools 1.22/2.0+, bwa 0.7.17+, chromap 0.2+, samtools 1.19+, RagTag 2.1+, tidk 0.2.3+, seqkit 2.6+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

hifiasm output filenames and YaHS/SALSA2 enzyme and resolution defaults have changed across releases; confirm output names and -e/-r behaviour against the instal

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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