bio-genome-assembly-short-read-assembly

Name: bio-genome-assembly-short-read-assembly
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Assembles a genome de novo from Illumina short reads with SPAdes (isolate/careful/sc/meta/plasmid/rna modes), MEGAHIT (low-memory, huge datasets), Unicycler (bacterial finishing/hybrid), MaSuRCA (large hybrid), ABySS (Bloom-filter), and Platanus (heterozygous diploids), using multi-k de Bruijn graphs. Covers the repeat-resolution limit, why N50 plateaus at the genome not the depth, GenomeScope2 k-

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Version Compatibility

Reference examples tested with: SPAdes 4.0+, MEGAHIT 1.2+, Unicycler 0.5+, ABySS 2.3+, GenomeScope2 2.0+, KMC 3.2+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

SPAdes 4.0 (June 2024) requires Python >=3.8, defaults to GFA v1.2 output with circular-path tags (TP:Z:circular), and is stated by the maintainers to be the last major feature release - pin the version in met

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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