bio-genome-intervals-bed-file-basics

Name: bio-genome-intervals-bed-file-basics
Rating: 5 (2 reviews)
Author: bg-szy

Handles BED-format genomic intervals (BED3 through BED12, narrowPeak/broadPeak) and the coordinate-system substrate the whole interval category rests on, with bedtools (CLI) and pybedtools/pyranges/pandas (Python). Covers the 0-based half-open vs 1-based-closed convention boundary and the start-1/end-unchanged conversion, the silent failures (chrom-name mismatch, CRLF, lexicographic-vs-version sor

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#python #ai

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Reference examples tested with: bedtools 2.31+, pybedtools 0.10+, pyranges 0.x (the pyranges1 rewrite ships as a separate package), samtools 1.19+, pandas 2.2+, UCSC liftOver / CrossMap 0.7+ (the bare CrossMap entry point replaced CrossMap.py at 0.7.0).

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
Python: pip show <package> then help(module.function) to check

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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