bio-genome-intervals-bigwig-tracks

Name: bio-genome-intervals-bigwig-tracks
Rating: 5 (1 reviews)
Author: bg-szy

Reads, queries, and writes bigWig indexed binary signal tracks (coverage, fold-change, conservation, methylation-rate) with pyBigWig (Python) and the UCSC Kent tools (bedGraphToBigWig, bigWigToBedGraph, bigWigInfo, bigWigSummary, bigWigAverageOverBed) and deepTools (multiBigwigSummary, computeMatrix, bigwigCompare). Covers the central trap that a wide query returns a precomputed zoom-level summary

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Atualizado há 13 dias

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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#python

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Reference examples tested with: pyBigWig 0.3.22+, numpy 1.26+, ucsc-bedgraphtobigwig/ucsc-tools 469+, deeptools 3.5+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version (or bigWigInfo with no args for usage) then <tool> --help to confirm flags
Python: pip show pyBigWig then help(pyBigWig.bigWigFile.stats) to check signatures

Building any bigWig needs a chrom.sizes file (name<TAB>length) and a coordina

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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