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bio-genome-intervals-coverage-analysis

DevOps e Infra Autor: bg-szy

Computes and interprets sequencing read depth and coverage over a genome, windows, or target regions with mosdepth (windowed depth, cumulative distribution, --quantize callable BEDs), bedtools genomecov/coverage (bedGraph tracks, per-target stats), samtools depth/coverage (per-base depth, per-contig depth+breadth). Covers the breadth-vs-mean distinction, the cumulative-coverage curve, evenness (CV

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Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: bedtools 2.31+, mosdepth 0.3+, samtools 1.19+, pybedtools 0.10+, numpy 1.26+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

samtools depth behaviour changed across versions: pre-1.13 capped depth at 8000 and truncated silently (-d 0 = unlimited); 1.13+ rewr

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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