bio-genome-intervals-gtf-gff-handling

Name: bio-genome-intervals-gtf-gff-handling
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Parses, queries, converts, and extracts from GTF and GFF3 gene-model annotation files - walking the gene/transcript/exon/CDS hierarchy with gffutils (queryable SQLite DB), converting formats and extracting transcript/CDS/protein FASTA with gffread, slurping to dataframes with gtfparse/pyranges, and sanitizing malformed files with AGAT. Covers the 1-based-inclusive vs 0-based BED coordinate convers

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Version Compatibility

Reference examples tested with: gffutils 0.13+, gffread 0.12+, gtfparse 2.x, pyranges 0.1+ (or 1.0+ - see note), AGAT 1.4+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

Two version landmines specific to this skill: (1) gtfparse changed its return type - older releases returned a pandas D

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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