bio-genome-intervals-interval-arithmetic

Name: bio-genome-intervals-interval-arithmetic
Author: bg-szy

DevOps e Infra

Autor: bg-szy

Performs set operations on genomic intervals - intersect (-wa/-wb/-wo/-wao/-loj/-c/-v/-u), subtract (-A), merge (-d, -c/-o), complement, cluster, multiinter, unionbedg, map, and groupby - with bedtools (CLI) and pybedtools/pyranges/bioframe (Python). Covers the sorted-input contract and the -sorted chromosome-order footgun, reciprocal/fractional overlap (-f/-F/-r/-e) and the A-vs-B asymmetry, -spl

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#python

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Version Compatibility

Reference examples tested with: bedtools 2.31+, pybedtools 0.10+, pyranges 0.1+ (or 1.0+ - see note), bioframe 0.7+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: bedtools --version then bedtools <subcommand> --help to confirm flags
Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

pyranges has a major-version API split: pyranges 0.x and the 1.0 rewrite (package pyranges1) differ in method n

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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