bio-genome-intervals-proximity-operations

Name: bio-genome-intervals-proximity-operations
Rating: 5 (1 reviews)
Author: bg-szy

Performs proximity operations on genomic intervals with bedtools (closest, window, flank, slop) and pybedtools - nearest-feature queries with signed/strand-aware distance, fixed-radius window searches, strand-aware promoter construction, and interval extension. Covers the closest -d/-D a/b/ref/-t/-k/-io/-iu/-id flags, the -D ref strand sign-flip, silent chromosome-end clipping in slop/flank, -t al

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Atualizado há 18 dias

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Version Compatibility

Reference examples tested with: bedtools 2.31+, pybedtools 0.10+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: bedtools --version then bedtools <subcommand> --help to confirm flags
Python: pip show pybedtools then help(pybedtools.BedTool.closest) to check signatures

flank and slop REQUIRE a chrom-sizes (genome.txt, two columns: chrom<TAB>length) file via -g; closest requires both inputs coordinate-sorted (

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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