bio-geo-data

Name: bio-geo-data
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Query and download from NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) and EMBL-EBI's BioStudies/ArrayExpress mirror. Use when finding expression datasets, navigating SuperSeries vs SubSeries, choosing between series-matrix (submitter-normalized) and raw supplementary files, downloading via GEOparse (Python) or GEOquery (R/Bioconductor), linking GEO to SRA for raw reads, or distinguishing GSE/GSM/GPL/GDS reco

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Version Compatibility

Reference examples tested with: BioPython 1.83+, GEOparse 2.0+, R Bioconductor GEOquery 2.70+, pandas 2.2+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show biopython geoparse then introspect signatures
R: packageVersion('GEOquery')

If the GSE structure doesn't match expectations (missing fields, malformed series matrix), re-fetch from FTP directly and inspect the SOFT or MINiML file as source of truth.

GEO Da

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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