bio-hi-c-analysis-loop-calling

Name: bio-hi-c-analysis-loop-calling
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Detect chromatin loops and point interactions from Hi-C data using cooltools, chromosight, and HiCCUPS-like methods. Identify CTCF-mediated loops and enhancer-promoter contacts. Use when detecting chromatin loops from Hi-C data.

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Reference examples tested with: bedtools 2.31+, cooler 0.9+, cooltools 0.6+, matplotlib 3.8+, numpy 1.26+, pandas 2.2+, pybedtools 0.9+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the exampl

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