bio-interaction-databases

Name: bio-interaction-databases
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Query protein-protein and gene interaction databases (STRING, BioGRID, IntAct, SIGNOR, Reactome, HuRI, HuMAP, OmniPath, ConsensusPathDB, DIP). Use when building PPI networks, choosing between physical vs functional vs genetic interactions, signed/directed vs undirected, high-throughput vs curated, picking confidence thresholds, aggregating across resources, or navigating license constraints. Encod

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: requests 2.31+, pandas 2.2+, networkx 3.2+; STRING v12.0, BioGRID 4.4+, IntAct (live), SIGNOR 3.0+, OmniPath (live)

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show requests pandas networkx
API surface: confirm endpoint URLs match each resource's current docs

STRING URL is version-pinned (version-12-0 as of 2024); older URLs (version-11-5) were deprecated 2023. The Cytoscape/Cyt

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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