bio-isoform-switching

Name: bio-isoform-switching
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Analyzes differential transcript usage (DTU) and isoform switches with functional consequence prediction (NMD via 50nt rule, ORF disruption, protein domain loss/gain, signal peptide changes, IDR alterations, coding-potential shifts). Tools include IsoformSwitchAnalyzeR v2 (auto-selects satuRn for >5 reps else DEXSeq), the manual DRIMSeq -> DEXSeq/satuRn -> stageR DTU pipeline, and fishpond/swish f

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Version Compatibility

Reference examples tested with: IsoformSwitchAnalyzeR 2.11+, DRIMSeq 1.34+, DEXSeq 1.52+, satuRn 1.14+, stageR 1.28+, fishpond 2.14+, tximport 1.34+, tximeta 1.24+, Salmon 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the in

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