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bio-local-blast

Dados e Análise Autor: bg-szy

Build local BLAST databases and run searches using NCBI BLAST+ command-line tools. Use when running >50 queries, building custom databases with -parse_seqids and -taxid, downloading prebuilt NCBI databases via update_blastdb.pl, choosing -task variants (megablast/dc-megablast/blastn/blastn-short), tuning soft/hard masking, scaling threads, or extracting hits with blastdbcmd. Encodes BLAST v5 vs v4

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Version Compatibility

Reference examples tested with: NCBI BLAST+ 2.15+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: blastn -version then blastn -help to confirm flags
  • CLI: makeblastdb -help to confirm database build options

If a flag is unrecognized or behavior changes, introspect with -help and adapt the example to match the installed version rather than retrying.

Local BLAST

"Run BLAST locally for speed and control" -> Build o

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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