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bio-metagenomics-metaphlan

Marker gene-based taxonomic profiling using MetaPhlAn 4. Provides accurate species-level relative abundances using clade-specific markers. Use when accurate taxonomic profiling is needed and computational resources are limited, or for comparison with HMP/other MetaPhlAn studies.

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Version Compatibility

Reference examples tested with: Bowtie2 2.5.3+, MetaPhlAn 4.1+, minimap2 2.26+, pandas 2.2+, scanpy 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rath

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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