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bio-microbiome-amplicon-processing

Amplicon sequence variant (ASV) inference from 16S rRNA or ITS amplicon sequencing using DADA2. Covers quality filtering, error learning, denoising, and chimera removal. Use when processing demultiplexed amplicon FASTQ files to generate an ASV table for downstream analysis.

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: DADA2 1.30+, cutadapt 4.4+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Amplicon Processing with DADA2

"Process my 16S amplicon data to get ASVs" -> Denoise amplic

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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