bio-microbiome-functional-prediction

Name: bio-microbiome-functional-prediction
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Predict metagenome functional content from 16S rRNA marker gene data using PICRUSt2. Infer KEGG, MetaCyc, and EC abundances from ASV tables. Use when functional profiling is needed from 16S data without shotgun metagenomics sequencing.

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Atualizado há 4 meses

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Reference examples tested with: Biostrings 2.70+, ggplot2 3.5+, pandas 2.2+, phyloseq 1.46+, scanpy 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspec

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