bio-molecular-io

Name: bio-molecular-io
Rating: 5 (1 reviews)
Author: bg-szy

Reads, writes, and converts molecular file formats (SMILES, SDF, MOL2, PDB) using RDKit and Open Babel. Handles structure parsing, canonicalization, and full standardization pipeline including sanitization, normalization, and tautomer canonicalization. Use when loading chemical libraries, converting formats, or preparing molecules for analysis.

1estrelas

Atualizado há 13 dias

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Reference examples tested with: RDKit 2024.03+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Molecular I/O

"Load my chemical library into Python" → Parse molecular file formats (SMILES, SDF,

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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