bio-molecular-io

Name: bio-molecular-io
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Reads, writes, and converts molecular file formats (SMILES, InChI, SDF V2000/V3000, MOL2, PDB, MMTF) using RDKit and Open Babel with rigorous handling of aromaticity perception, stereochemistry, implicit/explicit hydrogens, kekulization, and salt/fragment separation. Use when loading chemical libraries, debugging parse failures, or preparing molecules for downstream standardization, descriptor cal

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Version Compatibility

Reference examples tested with: RDKit 2024.09+, Open Babel 3.1.1+, ChEMBL structure_pipeline 1.2+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
CLI: obabel -V; obabel -L formats

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Molecular

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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