bio-molecular-standardization

Name: bio-molecular-standardization
Author: bg-szy

DevOps e Infra

Autor: bg-szy

Standardizes molecular structures using ChEMBL chembl_structure_pipeline and RDKit rdMolStandardize covering sanitization, salt/solvent stripping, neutralization, tautomer canonicalization, stereochemistry standardization, mixture handling, and isotope normalization. Explicitly compares ChEMBL pipeline, canSARchem, and PubChem standardization choices. Use when preparing libraries for QSAR training

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Atualizado há 4 meses

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Reference examples tested with: RDKit 2024.09+, chembl_structure_pipeline 1.2+, MolVS 0.1.1 (legacy reference only -- rdMolStandardize is current).

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

M

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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