bio-ncbi-datasets-cli

Name: bio-ncbi-datasets-cli
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Download genome assemblies, gene records, and ortholog data from NCBI using the modern Datasets v2 CLI (replaces assembly_summary.txt scraping and many EFetch workflows). Use when bulk-pulling genome assemblies, gene metadata across species, ortholog sets, or BLAST databases; when E-utilities are too slow for genome-scale work; or when automatic checksum verification, parallel download, and clean

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: NCBI Datasets CLI 16.0+ (2024), dataformat 16.0+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: datasets --version, dataformat --version
Subcommand help: datasets <subcommand> --help

If a subcommand or flag is unrecognized, run datasets --help and adapt. The CLI is under active development; major releases (v15 -> v16) added subcommands and renamed flags.

NCBI Datasets CLI

**"Pull ge

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