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bio-phylo-species-trees

Dados e Análise Autor: bg-szy

Estimate species trees using coalescent methods including ASTRAL-III, wASTRAL, ASTRAL-Pro, SVDQuartets, and BPP. Use when multi-locus data shows gene tree discordance from incomplete lineage sorting, when in the anomaly zone where concatenation is misleading, or when computing concordance factors to assess topological support.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Reference examples tested with: ASTER 1.15+ (ASTRAL-III/wASTRAL/ASTRAL-Pro), IQ-TREE 2.2+ (concordance factors), PAUP* 4.0a168+ (SVDQuartets)

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: astral --version then astral --help to confirm flags
  • CLI: iqtree2 --version then iqtree2 --help to confirm flags
  • CLI: PAUP* version displayed at startup

If commands fail, introspect the installed version and adapt flags rather tha

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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