bio-phylo-species-trees

Name: bio-phylo-species-trees
Rating: 5 (2 reviews)
Author: bg-szy

Estimate species trees using coalescent methods including ASTRAL-III, wASTRAL, ASTRAL-Pro, SVDQuartets, and BPP. Use when multi-locus data shows gene tree discordance from incomplete lineage sorting, when in the anomaly zone where concatenation is misleading, or when computing concordance factors to assess topological support.

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Reference examples tested with: ASTER 1.15+ (ASTRAL-III/wASTRAL/ASTRAL-Pro), IQ-TREE 2.2+ (concordance factors), PAUP* 4.0a168+ (SVDQuartets)

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: astral --version then astral --help to confirm flags
CLI: iqtree2 --version then iqtree2 --help to confirm flags
CLI: PAUP* version displayed at startup

If commands fail, introspect the installed version and adapt flags rather tha

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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