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bio-pose-validation

Desenvolvimento Autor: bg-szy

Validates docked / generated protein-ligand poses using PoseBusters physical-validity tests, strain energy quantification, geometric checks (planarity, vdW overlap, bond/angle distortion), and pose-energy reasonableness. Filters AI-docking outputs (DiffDock, EquiBind, NeuralPLexer) where ~50% of poses fail physical-validity tests. Use when QC-ing docking results, comparing classical vs ML docking

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Version Compatibility

Reference examples tested with: PoseBusters 0.6+, RDKit 2024.09+, pandas 2.2+, posecheck 0.5+ (optional).

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Pose Validation

Test docked or AI-generate

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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