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bio-protac-degraders

Design e Frontend Autor: bg-szy

Designs PROTACs, molecular glues, and bivalent degraders with explicit handling of E3 ligase choice (VHL, CRBN, IAP, MDM2, KEAP1), linker design (length, composition, rigidity), ternary complex prediction (PRosettaC, DeepTernary, AlphaFold3 with constraints), cooperativity (alpha), DC50 / Dmax characterization, hook effect, and prediction-experiment reconciliation. Use when designing targeted prot

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Atualizado há 4 meses
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Version Compatibility

Reference examples tested with: PRosettaC (web service), DeepTernary 1.0+, AlphaFold3 (constraints-enabled), Boltz-1 / Boltz-2, RDKit 2024.09+, OpenMM 8.1+ (for ternary MD).

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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