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bio-rna-quantification-featurecounts-counting

Count reads per gene from aligned BAM files using Subread featureCounts. Use when processing BAM files from STAR/HISAT2 to generate gene-level counts for DESeq2/edgeR.

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/bio-rna-quantification-featurecounts-counting-bg-szy/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/bio-rna-quantification-featurecounts-counting-bg-szy)

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Version Compatibility

Reference examples tested with: DESeq2 1.42+, HISAT2 2.2.1+, STAR 2.7.11+, Subread 2.0+, edgeR 4.0+, pandas 2.2+, scanpy 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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