bio-single-cell-markers-annotation

Name: bio-single-cell-markers-annotation
Author: bg-szy

DevOps e Infra

Autor: bg-szy

Find marker genes and annotate cell types in single-cell RNA-seq using Seurat (R) and Scanpy (Python). Use for differential expression between clusters, identifying cluster-specific markers, scoring gene sets, and assigning cell type labels. Use when finding marker genes and annotating clusters.

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Version Compatibility

Reference examples tested with: DESeq2 1.42+, pandas 2.2+, scanpy 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Mar

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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