bio-single-cell-scatac-analysis

Name: bio-single-cell-scatac-analysis
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Single-cell ATAC-seq analysis with Signac (R/Seurat) and ArchR. Process 10X Genomics scATAC data, perform QC, dimensionality reduction, clustering, peak calling, and motif activity scoring with chromVAR. Use when analyzing single-cell ATAC-seq data.

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Atualizado há 4 meses

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Reference examples tested with: MACS2 2.2+, scanpy 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

scATAC-seq Analysis

"Analyze my single-cell ATAC-seq data" → Process peak-barcode matrices, p

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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