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bio-single-cell-splicing

DevOps e Infra Autor: bg-szy

Analyzes alternative splicing at single-cell resolution. The first decision is library chemistry — 10X 3' is fundamentally limited (RT primes from poly-A, R2 falls in 3' UTR, <0.1 junction read per cell per AS event). Plate-based full-length methods (Smart-seq3, FLASH-seq, VASA-seq, STORM-seq) and single-cell long-read (MAS-Iso-seq, scISOr-Seq2) are the chemistries that give per-cell isoform struc

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Atualizado há 4 meses
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Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code

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