bio-spatial-transcriptomics-image-analysis

Name: bio-spatial-transcriptomics-image-analysis
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Process and analyze tissue images from spatial transcriptomics data using Squidpy. Extract image features, segment cells/nuclei, and compute morphological features from H&E or IF images. Use when processing tissue images for spatial transcriptomics.

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: Cellpose 3.0+, matplotlib 3.8+, numpy 1.26+, pandas 2.2+, scanpy 1.10+, scikit-learn 1.4+, scipy 1.12+, squidpy 1.3+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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