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bio-sra-data

Download raw sequencing reads from NCBI SRA using sra-tools (prefetch, fasterq-dump, vdb-validate) or the ENA mirror. Use when pulling FASTQ for SRR/ERR/DRR accessions, deciding between SRA-direct, ENA mirror, or AWS/GCP cloud mirror (STRIDES), handling --include-technical for 10x and other single-cell records, validating with MD5/vdb-validate, navigating SRR/SRX/SRS/SRP/PRJNA hierarchy, or findin

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Atualizado há 4 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Version Compatibility

Reference examples tested with: sra-tools 3.0+ (fasterq-dump, prefetch, vdb-validate, vdb-config), pysradb 2.2+, ENA portal API 2.0+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • CLI: fasterq-dump --version, prefetch --version
  • Python: pip show pysradb

If a flag is unrecognized or behavior changes, run <tool> --help and adapt.

SRA Data

"Download FASTQ from this SRA accession" -> Two paths exist in 2026: the **SRA t

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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